Ora viene la parte difficile , ma anche se non sarà chiaro ad una prima lettura e non indispensabile per comprendere il resto del topic  , trovo che il meccanismo sia abbastanza affascianante da meritare di venire descritto :
Tutte le parti degli organi sono descritte nel Dna , la vita ha trovato un' elegante soluzione per comunicare l'esatta sequenza per fabbricare l'organismo.
La difficoltà più evidente da capire è l'aritmetica del trasferimento di informazioni: i dati necessari per costruire le proteine sono registrati nel dna mediante l'alfabeto a 4 lettere , le proteine però sono formate da 20 aminoacidi diversi. il 20 ovviamente non sta nel 4. Come fanno allora a comunicare?
raggruppando le basi a tre a tre, in triplette. le quattro basi si dispongono in 64 diverse combinazioni di tre ciascuna, e il 20 sta nel 64,anzi, resta spazio per qualche ripetizione e per la punteggiatura. la sequenza dei pioli nella scala del dna determina quindi, letta a tre a tre , l'esatta sequenza degli amminoacidi nelle proteine di cui quel dna contiene le istruzioni.
tradurre le 64 triplette nei 20 amminoacidi significa assegnare a ogni tripletta (detta codone) un amminoacido corrispondente. L'insieme delle corrispondenze prende il nome di "codice genetico". Come in tutte le traduzioni , deve esserci qualcuno o qualcosa che sia bilingue, in questo caso per convertire le istruzioni in codice , scritte nella lingua degli acidi nucleici (le basi nuclotidiche), in un prodotto scritto nella lingua degli amminoacidi. Questo lavoro di traduzione si svolge nel momento  in cui gli amminoacidi appropiati si legano alle rispettive molecole di trna (molecola di rna di trasporto) prima dell'assemblaggio della proteina grazie al lavoro dei ribosomi. Questo legame per mezzo di un gruppo di abili enzimi che riconosco tanto la sequenza di rna quanto i diversi amminoacidi e li accoppiano secondo le indicazioni.
Le istruzioni sono eseguite correttamente perchè solo la molecola di tRNA che contiene il giusto amminoacido, grazie alla sua forma e alle sue propietà chimiche, riconosce il tratto di mRNA esposto e vi si lega. Le altre molecole di tRNA che portano amminoacidi "sbagliati" non si possono adattare a quel sito di legame. Dopo aver indotto il giusto trna ad ancorarsi alla catena di montaggio il successivo compito del ribosoma è persuadere l'amminoacido appena arrivato ad attaccarsi all'estremità della catena proteica in formazione. La catena è in attesa nel ribosoma e penzola all'etremità della precedente molecola di trna. Giunti a questo punto, tale molecola si stacca e lascia il ribosoma. cedendo l'intera catena al nuovo tRna ; qui la proteina si lega al nuovo amminoacido. la catena dunque cresce per l'aggiunta di amminoacidi alla testa e non alla coda.
Quando la sintesi è completa, il ribosoma riceve un segnale di stop dal nastro di mRna e la catena viene tagliata e si libera . la proteina a questo punto è montata ma non è ancora nella sua forma definitiva.  Tutta questa straordinaria sequenza di eventi si ripete in migliaia di ribosoma dispersi in tutta la cellula, che producono decine di migliaia di proteine diverse. La vita è complessità informata, cioè , diretta geneticamente. Una galassia no.

Sì, anche il cosmo è scritto in codice, sono le leggi naturali ad essere scritte in codice , compito dei fisici è decifrare quei codici. Ma prima di passare al cosmo voglio che il lettore abbia le idee chiare per quanto riguarda il genoma degli esseri viventi. Come saprete il dna è una molecola a doppia elica che può essere  vista come una scala a pioli che si attorglia in modo elicoidale. I pioli di questa scala sono le basi nucleotidiche , o più semplicemente basi. le basi sono quattro A, G, C e T si può pensare a queste basi come ad un alfabeto a 4 lettere; con una precisa sequenza di lettere si può comporre un determinato messaggio. un gene è semplicemente una lunga catena di coppie di basi, o lettere, che contengono una parte del messaggio complessivo dell organismo . L'insieme complessivo di queste parti di messaggi si chiama genoma, nel nostro caso "genoma umano" . un gene quindi è una particolare struttura materiale presente nello spazio tridimensionale , ma è anche un istruzione per fare qualcosa. Il Dna contiene tutta l'informazione necessaria per la costruzione e il funzionamento dell organismo a cui appartiene (per questo è stato possibile clonare la pecora dolly)  Il segreto della vita sta in questa duplice funzione dei componenti biologici , possono essere tanto ardware ( strutture tridimensionali ben determinate) quanto software.  Come fa il Dna a conservare e trasmettere l'informazione genetica? Quando il Dna si replica , nel duplicato che si forma è incorporata una sequenza identica di lettere (le basi nucletidiche di cui i geni sono una catena di coppie di basi che contengono una parte del messaggio complessivo) . Spero che cominciate a intuire il perchhè parlo di software e hardware ora. L'efficenza di questo meccanismo ingenioso è dimostrata dal fatto che il Dna, nella sua struttura di base, è sopravvissuto per oltre tre miliardi di anni!

Citazione di: Alexander il 07 Aprile 2022, 11:31:40 AMBuondì atomista non pentito

Dal lato pratico, delle cose che dobbiamo fare per tirare avanti tutti i giorni, pare così, sono d'accordo.La consapevolezza dell'anima però non è inerte. Se il "sottostante", compresa l'intelligenza, sta, per esempio, per fucilare un nemico (per stare sulla cronaca) e la trova cosa razionale da fare, essendo per l'appunto un nemico pericoloso che, se lasciato libero, può a sua volta uccidere, ecc. In più sente odio per questo nemico che ha commesso crimini, ecc. Però, se la consapevolezza dell'anima irrompe improvvisamente e dice (non dicendo verbalmente, è più una specie di soffio interiore/afflato intuitivo, qualcosa che sconvolge l'attimo, o non so bene dire cosa):"Cosa stai facendo?". Ecco che il sottostante letteralmente sparisce, anche se per un attimo, per poi tornare all'assalto con le sue risposte razionali, per potersi imporre sull'anima, per manifestare il suo lato diabolico, per soddisfarsi. Così l'anima è in conflitto con la sua manifestazione sensoriale. Più è consapevole di questo conflitto, tra ciò che la mente vuole fare, con tutto il carico d'angoscia e di odio tipico, e ciò che invece l'anima sente che è giusto fare, più ha possibilità di cambiare l'azione stessa. Questa "irruzione" dell'anima la si avverte come qualcosa di inaspettato, che non segue il corso solito dei pensieri, emozioni,ecc. All'improvviso c'è un totale ribaltamento ed è come se la mente "sparisse" per un attimo. Se il lavorio del cervello, il brusio ininterrotto che ci segue/perseguita tutto il tempo, è paragonabile ad un corso d'acqua che fluisce continuamente, senza sosta, l'irruzione dell'anima è come una diga dove tutto si infrange e subito si placa. E così si ha un'intuizione e finalmente una consapevolezza dell'assurdità del lavoro "meccanico" del cervello. Del fatto che in realtà non agisce, ma bensì reagisce al mondo. L'anima è consapevole, in quei momenti, di essere incatenata al mondo, proprio per mezzo dell'attività dei sensi e del cervello costruito su questi.

Questo ragionamento pare fatto su misura d'uomo, ma come sappiamo , tutti gli esseri viventi sono animati, cioè hanno un anima. Ciò che cambia è il livello o i gradi di coscienza degli esseri viventi. Forse questi livelli o gradi di coscienza sono livelli dell anima. Questa in noi è il Nus ,  che i Greci indicavano riguardo a quello stato in cui l'essere umano giunge ad essere libero dalle determinazioni  biologiche e ambientali sia nel bene che nel male. Noi siamo un prodotto dei geni e dell ambiente , senza geni e senza ambiente noi non saremmo ok? ma in noi abbiamo la possibilità di essere liberi dalle determinazioni biologiche e ambientali.

Sembra una buona domanda ma la differenza fra un sistema fisico come una galassia e un organismo vivente è radicalmente diversa, nel primo caso abbiamo un livello organizzativo sintattico, ovvero le informazioni fisiche presente nel sistema non sono istruzioni per fabbricare la galassia. Il tratto distintivo di un organismo vivente è che le informazioni interne alle cellule sono ricche di informazioni semantiche , cioè di istruzioni per fabbricare le proteine, un gene è un unita di istruzione , è una sequenza nucleotidica di DNA che codifica la sequenza primaria di un prodotto genico finale. ma una molecola di Dna e ogni altra molecola presa in disparte non può fare alcunchè. una molecola è solo una molecola, non è ne viva ne morta e non possiede intelligenza. é solo nel giusto contesto di relazionale che allora è rilevante sul piano biologico.

ho tracciato una distinzione fra informazione sintattica e informazione semantica in uno dei post precedenti. di per sè i dati genetici sono solo sintassi prendono valore semantico grazie agli amminoacidi che le "capiscono" .  e nei post precedenti ho anche detto che noi siamo abituati a parlare con le parole mediate dal pensiero. IN questo caso il pensiero non c'è  si potrebbe dire che sia sostituito dalla  semantica di un informazione scritta in codice e decodificata da molecole che sono sprovviste di pensiero.

Voglio soffermarmi su questo punto presente nell articolo da te postato (quello di focus) " concludendo che processi fisici completamente diversi possono formare strutture con livelli di complessità e di auto-organizzazione incredibilmente simili. " Quindi è valida la domanda; " Se i sistemi non viventi possono generare spontaneamente complessità organizzata, senza far  altro che seguire le leggi della fisica, perchè la vita non può aver fatto altrettanto almeno agli albori?".

Citazione di: hystoricum il 08 Aprile 2022, 13:50:02 PMAlberto,io non sarei così sicuro.
Le mappe attuali dell'universo che includono la materia oscura ne mostrano la somiglianza sorprendente con i gangli del cervello umano:

https://www.google.com/amp/s/notiziescientifiche.it/universo-e-sorprendentemente-simile-al-cervello-umano-ecco-le-incredibili-somiglianze/

Letto?Bene,adesso rileggetelo:il nostro cervello rispecchia l'universo,è esso stesso un universo in miniatura!

Qeusta è una cosa ben notagià da un pò di anni Hystoricum, mi stupisco che tu ne venga a conoscenza solo adesso.

Certo continuiamo come suggerito dal moderatore, Avevo chiesto all amico Viator a che cosa è dovuta la forma  di un arcobaleno , di una galassia a spirale, di un fascio di luce  non per niente, era inerente con l argomento in questione. Una galassia a spirale  un arcobaleno e la figura di diffrazione di un fascio di luce sono complessi e organizzati, eppure si formano senza geni che li specifichino, nè un evoluzione darwiniana che li abbia creati. Se i sistemi non viventi possono generare spontaneamente complessità organizzata, senza far  altro che seguire le leggi della fisica, perchè la vita non può aver fatto altrettanto almeno agli albori? La vita però non è un esempio di autorganizzazione, ma è organizzazione specificata, cioè diretta geneticamente.  la pioggia cade  il vento soffia in una direzione ma non c'è autorganizzazione in loro, nemmeno per la galassia e l arcobaleno. vi è se mai un principio di causalità. Erano queste ultime parole la risposta. Ora questo principio di causalità lo possiamo intrudurre anche per i sistemi biologici viventi? Se è diretta geneticamente cioè dai dati genetici che sono istruzioni per fare qualcosa, come può esserci un pricipio di causalità o ancora peggio , di casualità? c'è un prncipio di informazione specifica se mai. o no?

Citazione di: viator il 07 Aprile 2022, 22:19:08 PMInfine io sono un introverso, un isolato, un marginale........

ma qui non sei un emarginato, fai parte di un gruppo di pensatori, sarebbe molto bello condividere invece che prenderci a cazzotti sul caso e casualità . La verità è che ci facciamo un sacco di idee del cazzo , tanti modi diversi di vedere la realtà  e ci sforziamo di portarle avanti fottendocene del parere e delle dimostrazioni altrui. Sì ci facciamo venire un sacco di idee del cazzo senza mai capire un cazzo delle cose che contano veramente.

Citazione di: viator il 07 Aprile 2022, 18:25:04 PMSalve Alberto Knox. Mi dispiace l'averti fatto irritare.

mi irriterei molto di meno se i tuoi interventi fossero più costruttivi, magari volti alla comprensione collaborativa e non alla moda di "qualsiasi cosa tu dica posso trovare come smontartela" .

La fonte dell informazione non può essere altro che l'ambiente , ma questo non fa altro che rimandare al modo in cui l'informazione è sorta inizialmente nell ambiente. Senza dubbio non esiste una porzione di informazione già pronta che attende di essere assemblata dalla natura, come un programma preesistente in frammenti dove causa e effetto entrano in gioco e le metteno insieme

Citazione di: iano il 07 Aprile 2022, 19:48:18 PMMa non mi pare che diciamo cose diverse.
La semantica si rivela nell'azione, quando una sintassi si fà causa.
Pitagora ne sarebbe felice, come lo sono io, ma con più senso pratico e meno illusioni cosmologiche.
Non pretendo di dare risposte, ma mi limito a ridurre le domande a forme più accessibili.
Così ad esempio mi sembra di aver ridotto la questione di come la vita faccia a nascere dalla materia, a come una struttura si faccia causa in un processo di replica.

Qualsiasi afflusso di informazione codificate non è che un mucchio di dati inutili se non si dispone di un interprete , o di una chiave. Un messaggio in codice ha valore solo in funzione del contesto in cui viene utilizzato , vale a dire, il messaggio deve significare qualcosa . Di per sè i dati genetici sono solo sintassi . La loro immensa utilità viene dal fatto che gli amminoacidi li capiscono. L'informazione lungo un filamento di Dna è biologicamente rilevante propio per questo . 

Citazione di: iano il 07 Aprile 2022, 19:11:37 PMComunque si codifichi l'informazione, come facciamo a riconoscerla come tale?

Le proteine sono fabbricate da complesse macchine molecolari, i ribosomi, in base alle istruziuoni in codice che giungono dal DNA tramite l mRNA. Ovviamente la vita non si limita nel fabricare le proteine. Se vuoi ti spiego cosa è il codice genetico e come avviene il lavoro di assemblaggio delle proteine e la replicazione del Dna. sembra una cosa magica che una  molecola si replica ma in realtà non è niente di speciale. il principio di base è un esercizio di geometria elementare. I pitagorici ne sarebbero stati entusiasti .
Tieni presente che il dna contiene la lista di tutte le proteine di cui l'agonismo ha bisogno, in particolare nel dna è registrata la particolare sequenza di amminoacidi che costituisce ciascuna delle proteine della lista. Per indicare gli amminoacidi , il Dna si serve del suo alfaebeto a 4 lettere A,G,C,T che sono le quattro basi nucleotidiche o più semplicemente, basi, la sequenza delle basi, o delle lettere, specifica esattamente la sequenza degli amminoacidi. l ' mRna (che contiene le istruzioni) espone un unità di informazione (cioè un tratto della sequenza di "lettere"), che dice " in questo punto aggiungere l'aminoacido tal dei tali) . i dati genetici sono istruzione per fare qualcosa. Per questo dico e ripeto che la vita è complessità informata, cioè diretta geneticamente.i dati genetici sono dati semantici per il sistema biologico. l'alfabeto a 4 lettere indicano, in codice, le istruzioni per fabbricare proteine . Una sequenza di lettere diversa sarebbe priva di valore biologico esattamente come solo una derminata sequenza di lettere costituiscono il brano che stai leggendo in modo comprensibile. Queste informazioni , per essere adatte alla descrizione di un essere vivente, non solo devono essere significative per il sistema , ma devono essere collocate in un giusto contesto e solo in quello , in altri termini , l'informazione deve essere specificata.  Spero sia chiaro al lettore che stiamo parlando di due gruppi di molecole diverse fra loro ma in relazione fra loro.

Citazione di: iano il 07 Aprile 2022, 18:11:31 PMPotremmo ipotizzare che una forma dimostra di possedere un significato quando riesce replicarsi proprio in virtù della forma, mentre un fiocco di neve non si replica in virtù della sua forma.

Quando parlo di qualità dell informazione, nel caso della vita, intendo dire dati genetici. Hai parlato di "forma" Devi tener  presente che la specifica forma chimica degli acidi nucleici diventa irrilevante, come noi possiamo registrare le stesse informazioni digitali su un floppy disk o su un nastro magnetico, così l'informazione genetica potrebbe risiedere su strutture diverse dal DNA e RNA. forse la vita ha avuto inizio con informazioni codificate in qualche altro modo, e solo in uno stadio relativamente tardivo la funzione genetica è stata affidata agli acidi nucleici . Allora abbiamo dati semantici "softwere" e acidi nucleici "hardwere" ma le le particelle subatomiche e atomiche e anche le molecole sono del tutto ignare del compito che stanno svolgendo il lavoro di decodifica delle informazioni significative e del fatto che costruiscano le proteine dettate dai geni. una particella o una molecola fanno quello che fanno in risposta agli stimoli ambientali. il loro è un brulicare alla cieca, ciò che avviene all'interno della cellula è qualcosa di stupefacente ma non c'è nessuno che controlla dall'alto e dirige i lavori , è un sistema , un algoritmo, un programma, sono alimentati dall attrazzione e la repulsione chimica e dalla continua agitazione dovuta all'energia termica. Eppure dal cieco caos emerge un ordine spontaneo. Quindi Non basta sapere in quale modo queste molecole siano nate o come abbiano cominciato a interagire. Bisogna chiarire anche come è venuto alla luce il software del sistema, anzi, dobbiamo capire in che modo il concetto stesso di controllo mediante un software è stato scoperto dalla natura. con la stessa analogia in cui cerchiamo la spiegazione di come un aquilone possa trasformarsi in un aereomodello radiocomandato. Non si tratta semplicemente dell'aggiunta di uno strato di complessità, ma di una trasformazione fondametale della natura profonda del sistema.

Citazione di: viator il 07 Aprile 2022, 17:34:02 PMForse intendevi affermare che la struttura dei fiocchi di neve non ha significato umanamente utilizzabile per le utilità del genere umano.

ma lascia perdere l'umanamente utilizzabile! cosa vuoi che me ne importa di ciò che è umanamente significativo Viator? la devi finire di starmi dietro ad ogni cosa che scrivo, mi stai facendo il filo forse??

ti avevo chiesto

Citazione di: Alberto Knox il 07 Aprile 2022, 12:54:22 PMgrazie per la tua analisi approfondita riguardo la marmitta. A che cosa è dovuta la forma ? non della marmitta, di un arcobaleno , di una galassia a spirale, di un fascio di luce .

Se vuoi parti da qua, se no anda

Citazione di: iano il 07 Aprile 2022, 14:08:59 PMEra una provocazione seria.
Non è proibito ipotizzare che l'animato nasca dall'inanimato, ma aspetterei prima di fare questa ipotesi, di aver definito precisamente il confine fra i due.

o forse non c'è niente che nasce. Mi spiego, la differenza fra un oggetto inanimato e un corpo animato sta nella grande differenza di qualità  dell  informazione microscopica all interno dei due corpi in questione. Noi siamo abituati a comunicare con le parole mediate dal pensiero e così abbiamo creduto che vi fosse in campo un solo modo di parlare. Non è così, Ci sono miliardi di informazioni che si passano nei processi fisici. I fiocchi di neve  ,ad esempio, contengono informazioni sintattiche(un informazione sintattica è rappresentata dai dati nudi e crudi) nella specifica disposizione delle loro forme esagonali ma queste strutture non si collocano in un contesto semantico (un informazione semantica possiede un significato legato al contesto) i fiocchi di neve non hanno nessun significato che vada oltre la struttura in sè. Al contrario, il carattere distintivo dell'informazione biologica consiste nel fatto che è ricca di significato. Il DNA custodisce le istruzioni necessarie a costruire un organismo vivente. è un programma, o un algoritmo per un prodotto specifico e predeterminato.